Pasienio kontrolės punktų direkcijos prie Susisiekimo ministerijos (toliau vadinama - Direkcija) veiklos tikslas yra plėtoti ir modernizuoti pasienio kontrolės punktus ir aikšteles, skirtas stovėti transporto priemonėms, laukiančioms kirsti valstybės sieną, užtikrinti patikėto turto efektyvų valdymą ir tinkamą priežiūrą bei organizuoti sklandų patekimą į pasienio kontrolės punktus.